2012年11月30日，中注协印发了《基金会财务报表审计指引》，对注册会计师执行基金会财务报表审计业务和专项信息审核业务进行了规范，将于2013年1月1日起施行。注册会计师开展基金会财务报表审计等业务，是进一步提升注册会计师公信力和发挥专业优势参与社会管理创新的有益探索。《基金会财务报表审计指引》的发布及施行，将进一步提升基金会财务信息的公开性和运营的透明度，是注册会计师行业服务公益事业的重要制度安排。

该审计指引针对基金会的民间非营利组织特性和业务活动特点，以风险为导向，加强对重大风险的识别、评估和应对，在初步业务活动、审计计划、风险评估、控制测试、实质性程序和出具审计报告等各个环节，作出详尽指导。同时，还针对民政部门和社会公众所关注的专项信息，规范了对基金会当年公益事业支出占上年度总收入比例、工作人员工资福利和行政办公支出占当年总支出比例等信息的审核和报告工作，以满足相关各方对特殊信息的需求。

基金会是依据《基金会管理条例》成立的非营利性法人，利用自然人、法人或者其他组织捐赠的财产，从事公益事业，旨在通过无偿资助，促进文化教育事业和社会福利救助等公益事业的发展。民政部、财政部非常重视基金会的规范运作，于2011年12月26日联合发布了《关于进一步加强和完善基金会注册会计师审计制度的通知》，强化了对基金会外部独立审计的要求。为了贯彻落实这一制度，加强对注册会计师从事基金会财务报表审计等工作的指导，保证执业质量，中注协制定发布了《基金会财务报表审计指引》。